Desarrollan herramienta para identificación de subgenomas "fantasma" en plantas poliploides con participación del IA2
Investigadores del grupo Bioflora de la Escuela Politécnica Superior de Huesca (Universidad de Zaragoza), junto con colegas de la Estación Experimental de Aula Dei (EEAD-CSIC), miembros del BIFI-Unidad Asociada CSIC y del Instituto Agroalimentario de Aragón (IA2), han diseñado una nueva herramienta informática PhyloSD (Phylogenomic Subgenome Detection) para la identificación de subgenomas "fantasma" en plantas poliploides, hasta ahora difícilmente reconocibles con las metodologías disponibles. El trabajo ha sido publicado en la revista The Plant Journal ("Tracking the ancestry of known and 'ghost' homeologous subgenomes in model grass Brachypodium polyploids"; https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.15650).
El procedimiento ha sido empleado en el estudio de seis especies poliploides del género modelo de gramíneas Brachypodium (B. boissieri, B. hybridum, B. mexicanum, B. phoenicoides, B. retusum, B. rupestre) entre las que se han detectado y caracterizado siete subgenomas, tres derivados de especies diploides conocidas y cuatro derivados de progenitores diploides desconocidos (subgenomas "fantasma" o "huérfanos").
La importancia de esta contribución científica radica en el avance que supone la caracterización subgenómica de las plantas poliploides, dado el amplio desconocimiento actual sobre la identidad de los subgenomas de progenitores conocidos o desconocidos de la mayoría de ellas.
El estudio ha sido desarrollado por los investigadores Rubén Sancho, Antonio Díaz-Pérez, Luis A. Inda, Bruno Contreras-Moreira y Pilar Catalán, quienes han diseñado la tubería informática PhyloSD y han llevado a cabo los estudios genómicos, cariológicos y evolutivos de los poliploides. Han contado con la colaboración de Joanna Lusinska y Robert Hasterok, de la Universidad de Silesia, quienes han ejecutado los análisis citogenéticos CCB, y de David Des Marais (MIT) y Sean Gordon y John Vogel (JGI) quienes han contribuido con datos transcriptómicos y genómicos a la investigación.
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