La optimización de la producción pasa por el conocimiento de los procesos fisiológicos en la producción vegetal en nuestras condiciones ambientales y socioeconómicas, en procesos clave como la biología reproductiva, el reposo invernal, los requerimientos agroclimáticos en la floración, la respuesta frente a estreses bióticos o abióticos y los procesos morfológicos y fisiológicos relacionados con la oxidación enzimática en especies vegetales, así como la influencia de los diversos factores tanto ambientales como de manejo y los métodos de propagación.

Esta línea incluye tres sublíneas:

• Mecanismos fisiológicos con impacto en la producción y cosecha.
• Fisiología del estrés biótico y abiótico en plantas.
• Estado nutricional de las plantas.