La Comisión Rectora es el órgano de gobierno del IA2. Tiene competencias sobre todas aquellas cuestiones e incidencias que afecten a la definición de sus líneas de investigación, estructura y funcionamiento. Esta Comisión Rectora está integrada por el Director Gerente del CITA, la Vicerrectora de Política Científica de UNIZAR, un representante del Gobierno de Aragón designado por el Director Gerente del CITA, y un representante de la universidad, designado por el Rector de UNIZAR.

• El Consejo de Instituto, está presidido por el Director del Instituto y formado por más de 200 miembros: el Personal Investigador Permanente, el Personal Investigador Temporal que está en posesión del título de doctor, 2 representantes del Personal Investigador Temporal no doctor y 2 representantes del Personal de Administración y Servicios.
• La Comisión de Dirección está formada por el Director, dos Subdirectores, uno perteneciente al CITA y un segundo perteneciente a UNIZAR que realiza las funciones de Secretario, y los 4 Jefes de División.

Las Divisiones son las unidades de organización de personal. Actualmente el Instituto está estructurado en 4 Divisiones: 

• Ciencia vegetal y sistemas sostenibles
• Ciencia animal
• Ciencia y tecnología de los alimentos, nutrición y salud
• Economía agroalimentaria y del medioambiente

Finalmente, el IA2 cuenta con un Órgano de Asesoramiento, el Comité de Asesoramiento Externo.

Este órgano, cuya creación está contemplada en el Artículo 12 del Reglamento de Organización y Funcionamiento del IA2, está integrado actualmente por tres miembros: 

• Marciane Magnani, profesora de la Federal University of Paraiba (João Pessoa, Brasil)
• Luigi Faucitano, Agriculture and Agri-Food Canada - AAFC
• Idoia Labayen, directora del Institute for Sustainability & Food Chain Innovation (ISFOOD) de la Universidad Pública de Navarra