Abordar el estudio integral de sistemas agrarios más eficientes económica y ambientalmente mediante el manejo del laboreo del suelo, estudio de cubiertas vegetales, gestión del agua y suelo, y desarrollo de tecnologías innovadores y sostenibles para la protección de los cultivos frente a plagas, enfermedades y flora arvense, que garanticen la calidad de los alimentos y el respeto del medio ambiente .

Esta línea incluye cuatro sublíneas:

• Dinámica biológica y ecológica del ecosistema agrícola.
• Protección de cultivos y estrategias innovadores para la gestión integrada de plagas.
• Uso sostenible de los recursos agua-suelo e impacto ambiental de las actividades agrarias.
• Medidas preventivas y de control con nuevos productos de origen natural.