El estudio de la fisiología reproductiva en las distintas especies ganaderas permite conocer los mecanismos y procesos implicados en el éxito reproductivo de los animales. Por otro lado, el análisis del funcionamiento del sistema digestivo en rumiantes y monogástricos, así como el estudio de los procesos de digestión, absorción y utilización de los nutrientes posibilitan seleccionar los criterios para optimizar el uso que los animales pueden hacer de los recursos alimenticios disponibles en as explotaciones. Finalmente, producir ganado con un excelente nivel sanitario es indispensable. Esto se logra explorando en las vías de patogenicidad, en las interacciones patógeno-hospedador-sistema de producción y en los mecanismos humorales y celulares implicados en la respuesta inmune de los animales frente a agentes patógenos; también mediante el estudio de factores epidemiológicos y ligados a la bioseguridad; y a través de la patología de la reproducción.

Esta línea engloba tres sublíneas:

• Bases fisiológicas de la reproducción animal.
• Bases fisiológicas de la nutrición animal.
• Bases fisiológicas de la enfermedad y de la respuesta inmune.