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En esta línea se aborda, por una parte, el análisis y evaluación de riesgos químicos vehiculados por los alimentos, analizando la presencia de residuos de productos fitosanitarios y de medicamentos de uso veterinario, además de otras sustancias químicas producidas por la contaminación agrícola, industrial, medioambiental o por prácticas tecnológicas y culinarias, cuyo riesgo también debe ser objeto de estudio puesto que pueden estar presentes en materias primas, piensos, alimentos y agua. Asimismo, se plantea el diseño de estrategias para la prevención y reducción del riesgo por contaminantes químicos y residuos en toda la cadena alimentaria.
Por otro lado, la investigación en esta línea aborda el estudio de agentes de riesgo biológico como bacterias, virus, priones o parásitos vehiculados por los alimentos y el agua, así como el estudio de las resistencias antimicrobianas y su transmisión a través de la cadena alimentaria, cuya presencia y amenaza plantea graves riesgos para la salud pública, con el objetivo de gestionarlos eficazmente y aumentar el nivel de seguridad alimentaria, a través de un enfoque global (One Health) y coordinado que abarque toda la cadena alimentaria.
Esta línea incluye dos sublíneas: