Esta línea se orienta al análisis económico del sistema agroalimentario, desde la producción y su transformación hasta la distribución, el comercio y el consumo de alimentos, teniendo en cuenta no solo la eficiencia y la productividad, sino su sostenibilidad ligada a prácticas más ecológicas y socialmente responsables. Se trata de lograr un sistema agroalimentario competitivo y sostenible que gestione de manera eficiente los recursos biológicos, fomente el crecimiento económico y el desarrollo sostenible. Utiliza un enfoque integral que considera las interrelaciones entre todos los agentes del sistema agroalimentario y sus relaciones con otros agentes de la bioeconomía y otros sectores económicos. Para ello,, se averiguan las estrategias de la industria de transformación y distribución agroalimentaria, se estudia las comercialización y el marketing de los productos y el consumo alimentario, así como el comercio internacional. Algunos de estos aspectos se rastrean en perspectiva histórica para  entender mejor la situación presente. Los resultados permiten ayudar al desarrollo de un sistema agroalimentario innovador y sostenible que ofrezca los suficiente alimentos saludables, seguros y sostenibles que demandan los consumidores a la vez que se proteja el medio ambiente y los recursos naturales, mitigándose el cambio climático y el abandono de las zonas rurales. Es decir, conseguir un sistema agroalimentario eficiente y sostenible, que garantice la competitividad a corto plazo y su sostenibilidad a largo plazo.

Esta línea consta de cuatro sublíneas:

• Análisis económico del sector agroalimentario: crecimiento económico y desarrollo sostenible.
• Estudio de la competitividad y sostenibilidad del sistema agroalimentario.
• Análisis del consumo alimentario y del comportamiento del consumidor de alimentos.
• Estudio de los procesos de globalización, el comercio y los mercados internacionales.